Вообще в компьютеростроении различают аппаратную и программную конфигурацию.
первая, очевидно, подразумевает набор "железа" (hardware) с его настройками; скажем, подключение жестких дисков, видеоадаптера, установку перемычек в зависимости от частоты процессора, ну и само собой, типы установленых элементов

. А программная конфигурация начинается с настроек BIOS, и далее конфигурацией операционной системы (например, в Windows - системах - файлы типа config.sys (теперь не используются, реестр, настройки приложений и т.п. Все это называется также конфигурацией. Очевидно, слово это не из общего словаря, скорее имеет место применение его в специализированном техническом смысле.
